Орден руководствовался законами ордена Тамплиеров. Члены Ордена разделялись на рыцарей, священников и служащих. Рыцари чаще всего происходили из семей мелких феодалов (больше всего было их из Саксонии). Их форма — белый плащ с красными крестом и мечом. Служащие (оруженосцы, ремесленники, слуги, посыльные) были родом из свободных людей и горожан. Главой ордена был магистр, важнейшие дела ордена решал капитул.

Первым магистром ордена был Винно фон Рорбах (1202—1209), вторым и последним — Волквин фон Винтерштайн (1209—1236). На захваченных территориях меченосцы строили замки. Замок был центром административного деления — кастелатуры. По договорённости 1207 года 2/3 захваченных земель оставалось под властью Ордена, остальная часть передавалась епископам Рижскому, Эзельскому, Дерптскому и Курляндскому.
В 1202 году епископ Альберт строит в устье Западной Двины монастырь цистерцианских монахов и называет его Динамюндэ или Горой святого Николая.

В 1207 году взятие крепости Кукейнос в среднем течении Западной Двины. Оборону крепости возглавлял князь Вячеслав Борисович (Вячко), внук смоленского князя Давыда Ростиславича. В этом же году Орден получил, не без вмешательства Папы, от епископа право на владение третью все завоеванных земель.

В 1207 году был основан замок Зегеволд (Зигвальд) – нем. Sieg Wald «Победа над лесом» (в современной Сигулде).

В 1208 был организован неудачный поход в Литву.

В 1209 году был обезглавлен магистр ордена Винно фон Рорбах, и его место занял Волквин фон Винтерштаттен.

20 октября 1210 года епископ Альберт вместе с магистром Волквином, получают от Папы Иннокентия III привилегию на раздел Ливонии (Livonia) и Семигалии (Semigallia), а также новое разрешение на отпущение грехов. Именно в этой булле, происходит действительное утверждение Ордена Папой.

6 января 1217 года — Орден совершил рейд в Новгородскую землю.

Около 1 марта 1217 года, после трехдневной осады, Орден сдал замок Одемпе (Оденпе, Медвежья Голова, совр. Отепя) псковскому князю Владимиру, сыну Мстислава Ростиславича Храброго.

В 1219 году вместе с датскими войсками, пришедшими на помощь рыцарям ордена, основывают крепость Ревель (ныне Таллин).

В 1224 году после длительной осады крестоносцы взяли Юрьев (Дерпт), при обороне погиб князь Вячко.

До конца третьего десятилетия Орден захватил часть земель земгал, сель и куршей. Но большая часть языческих земель оставалась под властью Литвы. Орден, нарушив мирный договор 1225 (с Литвой), в 1229 организовал поход в Литву. После этого литовцы ещё больше стали поддерживать земгал.

В мае 1226 года император Фридрих II утвердил за меченосцами их владения, как держание от рижского и дорпатского епископов.

В 1233 году организуется новый крестовый Северный поход (1233—1236).

До 1236 Орден не нападал на Литву. В это время Литва сама организовывала походы против Ордена и епископов или участвовала в них вместе с ливами, жемгалами и русскими князьями. В 1234 году на реке Эмайыги под Юрьевом (ныне Тарту) войска Ордена меченосцев терпят поражение от новгородского князя Ярослава Всеволодовича. Продвижение рыцарей на восток было приостановлено.

Карта Ливонской Конфедерации 1260 г.

Чтобы завоевать Литву или хотя бы её ослабить, прекратить помощь литовцев поверженным племенам балтов, 9 февраля 1236 папа Римский Григорий IX, объявил Крестовый поход в Литву. 22 сентября 1236 состоялась битва при Сауле (ныне Шяуляй), окончившаяся полным поражением меченосцев. Был убит магистр ордена Волгуин фон Намбург (Волквин фон Винтерштаттен).

12 мая 1237 в Витербо Папа Римский Григорий IX и гроссмейстер Тевтонского ордена Герман фон Зальца совершили обряд присоединения остатков Ордена к Тевтонскому ордену. Тевтонский орден прислал туда своих рыцарей, ответвление Тевтонского ордена на землях бывшего ордена Меченосцев (на нынешних латышских и эстонских землях) стало называться Ливонским орденом.

В 1283 году магистр Ливонского ордена Виллекином де Эндорп основал на территории современной Эстонии город Вильянди, который в последствии стал одним из главных городов Ливонского ордена.